Urodzony 7 listopada 1934 w Sosnowcu. Szkołę średnią ukończył w Bytomiu, gdzie w 1951 r. zdał egzamin dojrzałości, podejmując następnie studia na Wydziale Konserwacji Dzieł Sztuki Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Po uzyskaniu w 1957 r. dyplomu artysty plastyka konserwatora kontynuował studia na Wydziale Filozoficzno-Historycznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, uzyskując w 1962 r. stopień magistra historii sztuki na podstawie pracy pt. Polichromia z XIV wieku w kościele parafialnym w Czchowie. W 1962 r. podjął działalność zawodową w dziedzinie konserwacji zabytków malarstwa. Dało mu to sposobność bezpośredniego kontaktu ze znaczną liczbą zabytków, wyznaczając w ten sposób późniejszy kierunek jego pracy naukowej.

Pracę doktorską pt. Rzeźba architektoniczna w Małopolsce 1250-1400 przygotował w latach 1966-1969 pod kierunkiem prof. Lecha Kalinowskiego, a obronił w r. 1970, uzyskując stopień doktora nauk humanistycznych.

W latach 1968-1972 Jerzy Gadomski współpracował z Akademią Sztuk Pięknych w Krakowie, prowadząc ćwiczenia dla studentów IV i V roku Wydziału Konserwacji Dzieł Sztuki. Od października 1970 związany jest z Instytutem Historii Sztuki Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie początkowo pracował na stanowisku starszego asystenta (1970-1971), a później adiunkta (1971-1983). Stopień doktora habilitowanego uzyskał w 1980 r. na podstawie książki Gotyckie malarstwo tablicowe Małopolski 1420-1470. Od 1983 r. pracował na stanowisku docenta, w latach 1984-1990 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Historii Sztuki. W 1989 r. uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Obecnie jest kierownikiem Zakładu Historii Sztuki średniowiecznej w Instytucie Historii Sztuki UJ.

We wczesnym okresie działalności naukowej przeważały u prof. J. Gadomskiego zainteresowania gotyckim malarstwem ściennym i architektoniczną rzeźbą małopolską wieków XIII-XV. Przedmiotem jego opracowań były nowo odkryte malowidła w kościele drewnianym w Haczowie (1957, 1958) i zespół malarski z XIV wieku w Czchowie (1963, 1965, 1970); później w tym samym nurcie problematyki "gatunkowej" znalazły się: artykuł o dekoracji malarskiej cysterskiego refektarza w Wąchocku (1972) i polemiczna recenzja tomu zbiorowego o gotyckim malarstwie ściennym w Polsce (1986).

Publikacje dotyczące rzeźby architektonicznej i ołtarzowej były pokłosiem obronionej w 1970 r. pracy doktorskiej, a dotyczyły ikonograficznych programów dekoracji rzeźbiarskich oraz funkcji wnętrz sakralnych i świeckich w budowlach czasów Kazimierza Wielkiego (1972, 1975), a także poszczególnych dzieł rzeźby kamiennej i ich pierwotnego przeznaczenia (1970, 1988). Na marginesie głównych kierunków badawczych powstały w tym czasie studia nad technicznymi aspektami budownictwa romańskiego w Polsce (1966) oraz dwie prace dotyczące teorii dokumentacji konserwatorskiej (1973). Od początku lat siedemdziesiątych głównym przedmiotem badań prof. J. Gadomskiego stało się gotyckie malarstwo tablicowe w Małopolsce. Ich owocem były dwa kolejne tomy obejmujące tę dziedzinę twórczości w wieku XV: t. 1 - lata 1420-1470 (wyd. 1981) i t. 2 - lata 1460-1500 (1988). Równocześnie powstawały opracowania poświęcone związkom malarstwa małopolskiego ze sztuką Europy Zachodniej (1978, 1989), m.in. Opłakiwania z Chomranic z twórczością Roberta Campin (1971), i metodycznej problematyce atrybucji dzieł malarstwa późnogotyckiego (1986). Do katalogu wystawy Polska w epoce Jagiellonów w Schallaburgu został opracowany syntetyczny wstęp o malarstwie tablicowym i 19 haseł katalogowych (1986). Kolejne prace dotyczyły fenomenu repetycji wizerunku kultowego jednego typu, a więc obrazów Matki Boskiej tzw. piekarskiej z XV wieku (1975, 1989), a kilka dalszych prac - obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej jako dzieła przekształconego w wieku XIV we Włoszech (wraz z A. Różycką-Bryzek, 1984, 1988, 1990).

Po uzyskaniu tytułu i stanowiska profesora nadzwyczajnego (1989) Jerzy Gadomski za swoje zadanie główne uznał ukończenie badań nad małopolskim malarstwem tablicowym późnego średniowiecza. Podjęte przed dwudziestu z górą laty przedsięwzięcie udało mu się sfinalizować dzięki subwencji Fundacji Lanckorońskich w roku 1995. Ukazał się wówczas trzeci tom Gotyckiego malarstwa tablicowego Małopolski, obejmujący lata 1500-1540. Równoczeąnie prof. J. Gadomski opracował tekst syntezy małopolskiego malarstwa tablicowego z lat 1400-1540, przeznaczony do 2 tomu Dziejów sztuki polskiej wydawanych przez Instytut Sztuki PAN w Warszawie.

W bezpośrednim związku z tą tematyką pozostawały pisane w latach 90 artykuły i rozprawy zmierzające do pogłębienia szczegółowej problematyki gotyckiego malarstwa małopolskiego. Ich przedmiotem są m.in. poszczególne indywidualności artystyczne, związki Małopolski z malarstwem Europy Zachodniej, zagadnienia ikonograficzne, wędrówka motywów artystycznych. Z tego okresu pochodzą też opracowania dotyczące średniowiecznej architektury sakralnej Krakowa oraz artystycznych związków średniowiecznego Krakowa z Austrią, przeznaczone do wydawnictw niemieckojęzycznych.