Urodził się 8 października 1931 roku w Zakliczynie. Gimnazjum ukończył w Tarnowie, gdzie w 1950 roku otrzymał świadectwo dojrzałości Magna cum Laude. W 1955 r. uzyskał dyplom Cum Laude na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej w Krakowie. Doktorat uzyskał w 1960 r., a habilitację - trzy lata później.W trakcie pracy zawodowej zajmował stanowiska - od asystenta w Instytucie Fizjologii Akademii Medycznej w Krakowie (1954-1964), a następnie, po habilitacji - docenta (1967-1969), aż do profesora medycyny, który to tytuł otrzymał w 1969 r. Od tego też czasu pełnił funkcję dyrektora Instytutu Fizjologii Akademii Medycznej.

Za główne osiągnięcia naukowe prof. S. Konturka (oraz współpracującego z nim zespołu) należy uznać:

• Odkrycie, że enterogastronowe substancje są obecne w górnym odcinku jelita cienkiego i grubego u psów i świń, i mają główne znaczenie w kontroli wydzielania żołądkowego.
• Odkrycie, że substancja wyosobniona z moczu zawiera czynnik o silnym działaniu hamującym sekrecję żołądkową - urogastron, obecnie znany także jako epidermalny czynnik wzrostowy (EGF).
• Wykazanie po raz pierwszy w piśmiennictwie, że błona ąluzowa żołądka u zwierząt i u ludzi adaptuje się do działania uszkadzającego niesterydowych leków przeciwzapalnych, alkoholu, stresu i innych czynników uszkadzających.
• Odkrycie, że hormony z grupy gastrynowo-cholecystokininowej wykazują nie tylko działanie pobudzające sekrecję żołądkową, ale także wywierają efekt cytoprotekcyjny na błonę śluzową żołądka i jelit, i że to działanie ma charakter fizjologiczny.
• Odkrycie, że cholecystokinina obniża u szczurów przyjmowanie pokarmów, a efekt związany jest z pobudzeniem nerwów błędnych i że zachodzi za pośrednictwem receptorów CCK typu A.
• Odkryciem ostatnich lat jest wykazanie, że głównym mechanizmem patogennym w rozwoju zaburzeń wydzielniczych żołądka u ludzi zakażonych przez bakterie spiralne z rodzaju Helicobacter pylori jest zahamowanie uwalniania somatostatyny w wyniku działania cytotoksyn typu CagA i VacA na komórki D błony śluzowej antrum żołądka, co prowadzi do nadmiernego uwalniania gastryny i czynników wzrostowych.

O znaczeniu prac S. J. Konturka i jego dorobku naukowym świadczą liczne kontrakty zagraniczne na uczelniach amerykańskich, w tym m.in.: nieetatowego profesora na Wydziale Fizjologii (Department of Physiology) University Oklahoma, następnie na Wydziale Chirurgii (Department of Surgery) Uniwersytetu w Galveston w Teksasie, nieetatowego profesora na Wydziale Fizjologii (Department of Physiology) Uniwersytetu w Rochester oraz na Wydziale Fizjologii (Department of Physiology) w University of Columbia. Lista publikacji oryginalnych Laureata wynosi ok. 640, z czego 550 ukazało się w czasopismach fizjologicznych i gastroenterologicznych o zasięgu międzynarodowym. Wskaźnik cytowań według Citation Index w skali rocznej wynosi około 700.

Prof. S. Konturek jest członkiem wielu międzynarodowych organizacji naukowych, m.in. American Gastroenterology Association, British Gastroenterological Association, Scandinavian Society of Gastroenterology oraz kilku stowarzyszeń polskich. Pełni funkcję przewodniczącego organizacji European Pancreatic Club and Gastro-Club oraz prezesa World Organization of Gastroenterology. Uczestniczy w zespołach redakcyjnych znaczących międzynarodowych czasopism medycznych, m.in. Gastroenterology, Digestive Disease and Sciences, International Journal of Pancreatology, Regulatory Peptides. Od 1990 r. prof. S. Konturek pełni funkcje we władzach krakowskiej Akademii Medycznej i aktywnie uczestniczy w pracach nad reorganizacją uczelni.