Urodził się w Zabrzu w 1959 r. Ukończył studia na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego w 1983 r. i doktoryzował się w macierzystej uczelni w 1989 r. Pracuje w Instytucie Fizyki Doświadczalnej UW. Zajmuje się doświadczalną fizyką jądrową.

Odbył dwa dwuletnie staże w Ośrodku Badań Ciężkojonowych GSI w Darmstadt, uczestniczył w kilku międzynarodowych projektach badawczych (m. in.: kierowanie ze strony polskiej współpracą z Centrum Badań Jądrowych CEN w Bordeaux, udział w międzynarodowym projekcie w ramach 5. Programu Ramowego UE jako kierownik grupy polskiej).

Wielokrotnie nagradzany za osiągnięcia naukowe, laureat m. in.: Nagrody zespołowej II stopnia Państwowej Agencji Atomistyki, Nagrody indywidualnej III stopnia Ministra Edukacji Narodowej za rozprawę doktorską, Nagrody zespołowej I stopnia Rektora UW.

Dr Marek Pfützner zajmuje się badaniami prowadzącymi do poznania struktury jąder atomowych. Składają się one z dwóch składników: protonów i neutronów. Dla jąder o dużym niedoborze neutronów znane jest zjawisko promieniotwórczości protonowej, w czasie którego z jądra wyrzucany jest jeden proton. Zjawisko samorzutnej przemiany jądra atomowego z emisją dwóch protonów, czyli rozpadu 2p zastało przewidziane już w 1960 r., ale do tej pory nie udało się go potwierdzić eksperymentalnie. Dr Pfützner jako pierwszy doświadczalnie zidentyfikował przemianę promieniotwórczą, w której z jądra wyrzucane są jednocześnie dwa protony. Dokonał tego, badając rozpady izotopu żelaza ⁴⁵Fe, charakteryzującego się skrajnym niedoborem neutronów. Jest to niezwykle egzotyczny izotop, którego kilka atomów udało się Laureatowi, w trakcie eksperymentu przeprowadzonego w laboratorium GSI w Darmstadt, w wyniku reakcji fragmentacji jąder przyspieszonych do 80% prędkości światła, wytworzyć, a następnie zarejestrować ich samorzutne rozpady. Pozwoliło to na jednoznaczną identyfikację nowego rodzaju promieniotwórczości. Odkrycie to otworzyło nowe pole badań w fizyce jąder atomowych.