Finansowanie działalności statutowej
W 1991 roku FNP otrzymała jako fundusz założycielski kwotę 95 mln zł (część zlikwidowanego w 1990 r. Centralnego Funduszu Rozwoju Nauki i Techniki). Od tej pory środki na działalność statutową oraz zabezpieczenie wartości funduszu Fundacja uzyskuje przede wszystkim z działań na rynku finansowym, tzn. z lokowania aktywóww instrumenty finansowe - głównie w obligacje, jednostki uczestnictwa funduszy inwestycyjnych i akcje. Ze środków wypracowanych w ten sposób Fundacja przyznała nauce do końca 2008 r. ponad 310 mln zł.
Obecnie FNP co roku przeznacza na wsparcie najlepszych uczonych i zespołów badawczych kilkadziesiąt milionów złotych. W 2008 r. Fundacja rozpoczęła realizację programów finansowanych z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007-2013 (Działanie 1.2 Wzmocnienie potencjału kadrowego nauki). Jako beneficjent programów kluczowych PO IG Fundacja otrzyma 70 mln euro w latach 2008-2015. Oznacza to możliwość blisko trzykrotnego zwiększenia jej corocznych wydatków programowych finansowanych dotąd w przeważającej mierze z własnych środków.
Dodatkowe środki na wspieranie nauki, w wysokości ponad 51 mln zł, Fundacja uzyskała w roku 2003 i 2004 na mocy ustawy z 29 marca 2000 r. "O zmianie ustawy o komercjalizacji przedsiębiorstw...", która ustanowiła, że 2% środków z prywatyzacji jednoosobowych spółek Skarbu Państwa przeznaczone zostanie na wniesienie na majątek Fundacji, przy czym na mocy ustawy z 1 marca 2002 r. "O zmianach w organizacji i funkcjonowaniu centralnych organów administracji rządowej i jednostek im podporządkowanych oraz zmianie niektórych ustaw" adresatem 2% środków uzyskiwanych w dalszych etapach prywatyzacji został Komitet Badań Naukowych. Ze środków uzyskanych w ramach działania ustawy prywatyzacyjnej Fundacja utworzyła wyodrębniony fundusz przeznaczony w całości na finansowanie stypendiów krajowych dla młodych naukowców (program START).
Ponadto w 2003 r. przekazano Fundacji, z przeznaczeniem na stypendia na staże zagraniczne z zakresu nauk ścisłych, środki w wysokości ok. 461,4 tys. zł, niewykorzystane przy realizacji II Wspólnego Funduszu im. Marii Skłodowskiej-Curie, który służył od 1987 do 2000 r. jako główne źródło finansowania współpracy naukowej między Polską a USA. W latach 2004-2007 ze środków tych Fundacja przyznawała co roku jedno dodatkowe stypendium zagraniczne w ramach programu KOLUMB.
Sprawozdania finansowe Fundacji badane są co roku przez renomowane firmy audytorskie i publikowane w Raporcie Rocznym, dostępnym w biurze FNP oraz zamieszczanym na stronie internetowej. Są także przesyłane są do Krajowego Rejestru Sądowego oraz właściwych ministerstw.