Pragnąc w swych działaniach na rzecz nauki w coraz większym stopniu opierać się na wiarygodnych analizach i zweryfikowanych danych dotyczących najistotniejszych potrzeb środowisk naukowych, Fundacja zamierza inicjować, na szerszą niż dotychczas skalę badania nad stanem nauki w Polsce.

W 2006 r. FNP rozpoczęła badania nad mobilnością młodych polskich naukowców. Ich podstawowym celem jest analiza dzisiejszej migracji młodego pokolenia badaczy (jej skali, częstotliwości, dynamiki, kierunków, przyczyn, skutków, etc.). Wnioski raportu, będącego efektem tych badań posłużą lepszemu dopasowaniu programów Fundacji do oczekiwań młodego pokolenia naukowców.

Fundacja zdefiniuje też nowe obszary badań, jakie zostaną podjęte w następnej kolejności.

W 2008 r. Fundacja zleci badania nad procedurami audytu naukowego dla jednostek badawczych i rozwojowych w Polsce.