Przyznawane przez Fundację w latach 1991-1999 subwencje na zakup nowoczesnej aparatury badawczej dla wybranych dyscyplin nauki pozwoliły na znaczącą poprawę możliwości warsztatowych najlepszych zespołów naukowych. Zaowocowało to dalszym dynamicznym rozwojem prac badawczych i osiąganiem wyników na światowym poziomie.
Na zakupy aparaturowe w programach rocznych Fundacja wydała łącznie ponad 70 mln zł.

Dyscypliny wspierane w programach rocznych FNP:

• Badania na rzecz zdrowia dziecka (1991-1993)
• Biologia molekularna (program BIMOL,1993)
• Zaawansowane materiały (program SEZAM,1994)
• Neurobiologia (program BRAIN,1994)
• Biotechnologia (program BITECH,1995)
• Nauka o żywieniu (program NUTRIS,1995)
• Diagnostyka molekularna (program DIAMOL,1996)
• Fizykochemia organicznych kryształów molekularnych (program MOLTEK,1996)
• Fotochemia szybkich reakcji (program FASTKIN,1997)
• Biologiczne metody rekultywacji gleby (program REGLE,1997)
• Wykorzystanie promieniowania jądrowego w medycynie (program MARIA,1998)
• Badania układów odpornościowych organizmu (program IMMUNO,1999)