W marcu 2019 r. eksperci Komisji Europejskiej przeprowadzili audyt związany z poprawnością realizowania przez FNP zasad ujętych w Europejskiej Karcie Naukowca i Kodeksie postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych. Ocena wypadła bardzo pozytywnie i wyróżnienie HR Excellence in Research dla Fundacji zostało podtrzymane.

Europejska Karta Naukowca i Kodeks zostały przyjęte przez Komisję Europejską w 2005 r. i zawierają zalecenia określające rolę, zakres obowiązków i uprawnienia pracowników naukowych, a także ich pracodawców i grantodawców. Instytucje spełniające wymogi określone w tych dokumentach otrzymują prawo do posługiwania się znakiem HR Excellence in Research. To prestiżowe odznaczenie jest jednym z działań Komisji Europejskiej w ramach strategii Human Resources Strategy for Researchers, nakierowanej na zwiększanie atrakcyjności warunków pracy i rozwoju kariery naukowców w UE.

Fundacja na rzecz Nauki Polskiej była pierwszą instytucją w Polsce, którą Komisja Europejska wyróżniła znakiem HR Excellence in Research za wdrażanie postanowień zawartych w Europejskiej Karcie Naukowca i Kodeksie postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych. FNP uzyskała prawo do posługiwania się znakiem HR Excellence in Research w 2012 r.

Zgodnie z wymogami Komisji Europejskiej, Fundacja dwukrotnie (w  latach 2014 i 2017) przeprowadziła wewnętrzną ewaluację wdrażania zasad.  W marcu 2019 r.  standardy działania Fundacji w kontekście zasad Europejskiej Karty i Kodeksu zostały poddane ocenie zewnętrznej dokonanej przez ekspertów KE. Ocena wypadła bardzo pozytywnie i wyróżnienie HR Excellence in Research dla Fundacji zostało podtrzymane.