Od 2007 roku Fundacja przyznaje Honorowe Odznaczenie Fundacji na rzecz Nauki Polskiej. Wyróżnienie to otrzymać mogą osoby, które w szczególny sposób przyczyniły się do powstania Fundacji i jej rozwoju lub podjęły znaczące działania, wpływając na budowę dobrego imienia lub wizerunku Fundacji. Wniosek o przyznanie Odznaczenia złożyć mogą członkowie Rady i Zarządu Fundacji oraz jej pracownicy. Decyzję o przyznaniu wyróżnienia podejmuje Kapituła, w skład której wchodzą: Prezes Fundacji, Przewodniczący Rady Fundacji, przedstawiciel pracowników Fundacji oraz osoba delegowana przez Radę FNP.
Laureaci Honorowego Odznaczenia Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
- prof. Maciej Władysław Grabski
- prof. Marian Grynberg
- prof. Witold Karczewski
- prof. Henryk Samsonowicz
- prof. Janusz Sławiński
- prof. Andrzej Zoll
- dr Konrad Buschbeck
- prof. Barbara Skarga
- prof. Lech Szczucki
- dr Jan Krzysztof Frąckowiak
- Krzysztof Michalski
- prof. Klaus Hahlbrock
- dr Ewa Ger
- dr Beate Konze-Thomas
- dr Tamara Kołakowska
- prof. Adam Sobiczewski
- Krystyna Frąk
- Helene Zaleski
- Jadwiga Czartoryska