Urodził się w 1937 roku. Jest historykiem sztuki nowożytnej.
Magisterium uzyskał w 1958 roku na Uniwersytecie Jagiellońskim, w 1964 roku obronił na tej uczelni doktorat. W latach 1958-1967 pracował w Bibliotece Jagiellońskiej w Krakowie. Od 1967 roku prowadzi badania w Instytucie Sztuki PAN w Warszawie, gdzie uzyskał habilitację (1971). Od 1979 r. jest profesorem nadzwyczajnym, od 1990 – zwyczajnym.

W latach 1973-78 był zastępcą dyrektora Instytutu, a w latach 1978-1999 – jego dyrektorem. Od roku 1999 kieruje Zakładem Historii Sztuk Plastycznych. Jest Przewodniczącym Wydziału I Nauk Społecznych PAN (kadencja 2007-2010).

W latach 1965-66 przebywał na stażu zagranicznym na Uniwersytecie w Bolonii.

Członek PAN, PAU, Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, Ateneo Veneto w Wenecji,  Scientific Council of Europa Nostra, Accademia Clementina w Bolonii, Akademie Europeenne w Paryżu. W 1963 roku otrzymał Nagrodę Naukową Zarządu Głównego Stowarzyszenia Historyków Sztuki. Jest dwukrotnym laureatem Nagrody Naukowej Wydziału I PAN (w 1975 i 1982 roku) oraz laureatem Nagrody im. Gottfrieda von Herdera Uniwersytetu w Wiedniu za rok 2003.

Autor ponad 130 publikacji naukowych w językach: polskim, włoskim, angielskim, francuskim i niemieckim, w tym rozpraw tak znaczących jak: Tylman z Gameren, architekt polskiego baroku (1973), Sztuka jako świadectwo czasu (1980), Orbis Polonus. Studia z historii sztuki XVII-XVIII wieku (2002).

Odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi (1980), Krzyżem Kawalerskim (1988) i Oficerskim (1999) Orderu Odrodzenia Polski.

Nagrodą Fundacji na rzecz Nauki Polskiej uhonorowane zostało dzieło Kaplica Zygmuntowska (1515-1533). Problematyka artystyczna i ideowa mauzoleum Króla Zygmunta I. Jest to fundamentalna monografia, swoiste opus magnum najważniejszego w Europie Środkowej renesansowego dzieła sztuki – Kaplicy Zygmuntowskiej na Zamku Królewskim na Wawelu, będące owocem badań nad problematyką tej budowli, prowadzonych przez Autora przez ponad 30 lat.
Wybitne dzieło, wykorzystujące polską i zagraniczną literaturę przedmiotu, nie tylko podsumowuje dotychczasowe ustalenia dotyczące Kaplicy Zygmuntowskiej, lecz także jest krytyczną analizą stanu badań nad tym dziełem. Autorowi, który dążył do stworzenia wyczerpującego opracowania najwybitniejszego zabytku architektury i rzeźby renesansowej w Polsce, udało się rozwiązać podstawowe problemy, z którymi nie uporały się wcześniejsze prace naukowe poświęcone Kaplicy. Książka prezentuje przede wszystkim chronologię etapów prac przy wznoszeniu i dekoracji budowli. Określa genezę formy architektonicznej Kaplicy i jej dekoracji rzeźbiarskiej. Ukazuje formację artystyczną jej twórcy-projektanta Bartolomeo Berrecciego oraz wkład w koncepcję ideową i artystyczną budowli polskiego króla – jej fundatora. Definiuje także udział poszczególnych artystów włoskich, członków ekipy mistrza Berrecciego, w całości realizacji.

Podjęty przez Autora wysiłek przedstawienia niezwykle dokładnej weryfikacji stanu dotychczasowej wiedzy oraz odkrycie nowych faktów, umożliwiły mu zaproponowanie nowej interpretacji całej Kaplicy. Ze względu na najwyższy kunszt pracy badawczej, podjętą tematykę i jej ujęcie książka profesora Mossakowskiego ma fundamentalne znaczenie dla badań nad europejskim, w tym polskim Renesansem i tradycją antyczną w sztuce nowożytnej.

Cofnij