Model Otwartego Dostępu wzmacnia też standardy transparentności w zakresie korzystania ze środków publicznych oraz dobre praktyki w środowisku naukowym i dlatego powinien być implementowany wszędzie tam, gdzie podejmowane są decyzje mające znaczenie dla środowiska naukowego.

Idea Otwartego Dostępu jest jednak rozmaicie realizowana w różnych krajach, jej założenia nie są wolne od sprzeczności i potencjalnych konfliktów związanych z prawem autorskim oraz interesami ekonomicznymi podmiotów działających na rynku nauki. Ponadto środowisko naukowe nie wypracowało wobec niej wspólnej postawy. Fundacja nie jest stroną w tych sprawach, uważając, że wszystkie kwestie sporne powinny być rozstrzygnięte przez odpowiednie instytucje administracji państwowej, tj. odpowiednie ministerstwa, rząd czy nawet parlament, zwłaszcza, że publikacje w Otwartym Dostępie wymagają dodatkowych środków budżetowych na naukę.

Uznając możliwość powszechnego udostępniania wszelkich publikacji związanych z nauką w repozytoriach cyfrowych oraz w formie publikacji internetowych za osiągnięcie cywilizacyjne, Fundacja przypomina równocześnie, że najważniejszym kryterium oceny publikacji naukowej jest jej jakość. Zachęcając swoich laureatów i beneficjentów do korzystania z dobrodziejstw Otwartego Dostępu, FNP niezmiennie stoi na stanowisku, że uczeni powinni publikować swoje prace w najwyżej punktowanych czasopismach i w najbardziej prestiżowych wydawnictwach międzynarodowych niezależnie od form ich dostępności.

Fundacja oferuje uczonym dodatkowe środki na publikacje w pismach należących do systemu Open Access. Są one dostępne np. w programie MISTRZ oraz w programie MONOGRAFIE (książki z tej serii są digitalizowane i wkrótce ponad sto tytułów będzie dostępnych online).